Вазари, родившийся в 1511 году, никак не мог увидеть Джоконду своими глазами и был вынужден сослаться на информацию, данную анонимным автором первой биографии Леонардо. Именно он и пишет о торговце шелками Франческо Джокондо, заказавшем у художника портрет своей третьей жены. Несмотря на слова этого анонимного современника, многие исследователи сомневались в возможности того, что «Мона Лиза» была написана во Флоренции (1500—1505), так как утончённая техника может указывать на более позднее создание картины. Приводился также довод, что в это время Леонардо был настолько занят работой над «Битвой Ангиари», что даже отказал маркизе мантуанской Изабелле д'Эсте принять её заказ (впрочем, с этой дамой его связывали очень сложные отношения).
Франческо дель Джокондо, видный флорентийский пополан, в тридцатипятилетнем возрасте в 1495 году женился в третий раз на молодой неаполитанке из знатной семьи Герардини — Лизе Герардини, полное имя — Лиза ди Антонио Мариа ди Нольдо Герардини (15 июня 1479 — 15 июля 1542, или около 1551).
Хотя сведения о личности женщины даёт Вазари, по поводу неё до сих пор долгое время оставалась неопределённость и высказывалось множество версий:
Катерина Сфорца, незаконная дочь миланского герцога Галеаццо Сфорца
Изабелла Арагонская, герцогиня Миланская
Чечилия Галлерани (модель другого портрета художника — «Дамы с горностаем»)
Констанца д'Авалос, которая также имела прозвище «Весёлая», то есть La Gioconda по-итальянски. Вентури в 1925 г. предположил, что «Джоконда» — портрет герцогини Костанцы д´Авалос, вдовы Федериго дель Бальцо, воспетой в маленькой поэме Энео Ирпино, упоминающем и о её портрете, написанном Леонардо. Костанца была любовницей Джулиано Медичи.
Пачифика Брандано (Pacifica Brandano) — другая любовница Джулиано Медичи, мать кардинала Ипполито Медичи (По версии Роберто Заппери, портрет Пачифики был заказан Джулиано Медичи для узаконенного им позже внебрачного сына, жаждавшего увидеть мать, которая к этому времени уже умерла. При этом, по мнению искусствоведа, заказчик, по обыкновению, оставил за Леонардо полную свободу действий).
Изабела Галанда (Isabela Gualanda)
Просто идеальная женщина
Юноша в женском одеянии
Автопортрет самого Леонардо да Винчи
Ретроспективный портрет матери художника Катерины (1427—1495) (предложена Фрейдом).
Тем не менее, версия о соответствии общепринятого названия картины личности модели в 2005 году, как считается, нашла окончательное подтверждение. Учёные из Гейдельбергского университета изучили заметки на полях фолианта, владельцем которого был флорентийский чиновник, личный знакомый художника Агостино Веспуччи. В записках на полях книги он сравнивает Леонардо со знаменитым древнегреческим живописцем Апеллесом и отмечает, что «сейчас да Винчи работает над тремя картинами, одна из которых — портрет Лизы Герардини». Таким образом, Мона Лиза действительно оказалась женой флорентийского торговца Франческо дель Джокондо — Лизой Герардини. Картина, как доказывают в этом случае учёные, была заказана Леонардо для нового дома молодой семьи и в ознаменование рождения их второго сына, названного Андреа.